聖路加国際病院内科より山科章教授が就任し、臨床・研究・教育全ての面での充実が図られました。なかでも山科前教授は臨床の強化が最大のテーマに掲げられました。
まず毎朝の症例検討会が開始され、診断と治療方針の標準化が進められました。また平成11年に救命センターの入院ベッドを2床借り受ける形で循環器救急/集中治療が開始。さらに平成15年には24時間稼働の独立循環器集中治療室 (CCU)6床が新設され、当院の循環器救急診療が本格的稼働されました。それに伴い、入院患者数（とくに急性冠症候群や急性心不全の重症例が増加）、各種検査や侵襲的治療などの件数は飛躍的に増加しました。
研究面では入院患者背景・検査・治療のデータベース化が行われました。研究内容は動脈硬化・血管機能などの基礎的疫学的なものから心エコー・心臓核医学・CT/MRIといった非侵襲的画像診断分野、睡眠時無呼吸と心不全、さらにカテーテル診断・治療学や不整脈診断・治療学に至るまで幅広い分野で各研究グループが連携をとりながら活動し、多数の研究・論文が発表され現在に引き継がれています。
教育面では、学生や若手の教室員向けに教育カンファレンスを毎朝行い、専門に偏らない循環器疾患全般に対する幅広い基本的診療能力の向上が図られました。また臨床研修制度開始に伴い山科前教授自身が当院の初代臨床研修センター長を兼任し、病院全体の卒後医学教育が推進されました。
その他、平成21年に「日本循環器学会：冠動脈病変の非侵襲的診断法に関するガイドライン」、また平成26年に「同：血管機能の非侵襲的ガイドライン」が山科前教授を責任者として作成されました。また平成28年には集中治療学会、翌年には日本心臓病学会をそれぞれ当教室が主宰しました。
以上のように、「循環器診療における予防から診断、集中治療、さらにはリハビリテーションまで幅広く臨床・研究・教育を行う」ことが当教室の基本方針となっており、現在に引き継がれています。

近森大志郎教授が就任。各研究グループのより密接な連携を目的にしたリサーチカンファレンスの定期開催や新病院開院にあたり近隣医療機関との連携強化（平成30年4月に東京医科大学循環器内科同門会を設立）など、山科教授時代の基本方針を踏襲しつつ、様々な分野で新たなチャレンジが始まりました（慢性血栓塞栓性肺高血圧症に対するカテーテル治療や外科とのハイブリッド治療、末梢血管疾患に対する血管内治療、心房細動や心室頻拍に対する積極的なアブレーション治療や難治性心不全に対するデバイス治療など）。結果、循環器内科の患者数や検査・治療件数は右肩上がりに増加しました。

里見和浩教授が就任。Sympathy・Passion・Empowermentの3つの価値観に基づいた、new東京医科大学循環器内科がスタートしました。詳細は当HP「主任教授からのご挨拶」をご覧ください。